重庆市巴南区财政局下设办公室、预算国库科、行财科、农业科、企业科、经济建设科、社会保障科、会计科、监察室9个内设机构。

局直属事业单位4个：区金融发展中心、区国库支付中心、区税费征收管理局、区政府采购管理办公室（含评审管理办公室）。

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